Naturex a mis en place une politique de contrôle qualité sur chacun de ses sites. Des procédures de contrôle sont appliquées sur tous les sites de production et assurent une parfaite traçabilité. Les onze sites de production ont leur propre laboratoire de contrôle qualité : les produits sont contrôlés tout au long du processus de fabrication.
Les extraits végétaux doivent être standardisés à l’aide de contrôles qualité stricts afin d’en garantir une qualité constante et intégrale. Tous les extraits produits par Naturex sont soumis à une batterie de tests pour contrôler leur origine et leur pureté.
Naturex possède un équipement sophistiqué afin de garantir des ingrédients de très grande qualité. L’équipement analytique comprend HPLC-MS, HPLC, PPSL, NMR, GC-MS, GC, ICP, ICP-MS, HPTLC, TLC… Les extraits sont aussi contrôlés afin de garantir les normes d'hygiène et de sécurité : microbiologie, pesticides, métaux lourds, OGM....